Corría el año 1941 cuando un grupo de residentes británicos en Valparaíso se reunió en el Club de Viña del Mar con la idea de fundar un colegio para la educación de sus hijas debido a que en esa época estaba en pleno desarrollo la Segunda Guerra Mundial en Europa y la Colonia Inglesa consideraba poco patriota el hecho de enviar a sus hijas al Colegio Alemán. Esto era costumbre entre los residentes británicos en Valparaíso ya que el único colegio británico en la región era el Mackay, pero estaba solo reservado para varones, encontrándose en esta situación fundaron el colegio en 1941, el cual abrió sus aulas en marzo del mismo año bajo la dirección de la señora Haemans. Tras unos meses dirigiendo el colegio fue reemplazada por la señora Peyton que arrivó a Valparaíso desde Inglaterra.

El nombre del colegio se eligió luego de un consenso entre los reunidos en esa ocasión, se decidió por "St. Margaret School for Girls" tomando la idea de la capilla St. Margaret ubicada dentro del castillo de Edimburgo en Escocia, la cual fue construida durante el reinado del rey David I. St. Margaret, madre de David I, gobernó Escocia durante parte del Siglo XI en el cual se caracterizó por su bondad y su espíritu cristiano, fue admirada y amada por súbditos. Fue canonizada por el papa Inocencio IV en el año 1250.

El primer edificio estaba ubicado en calle Limache, Valparaíso, al año siguiente dos casas tuvieron que ser ocupadas por el aumento de alumnas en el colegio. Luego se trasladan a la villa Hoschild, terrenos pertenecientes a un exitoso minero en la región, donde permanece funcionando hasta el año 2004. En marzo del 2005 inician sus clases en sus nuevas instalaciones en las Lomas de Montemar, Concón.